Jekyll-Bootstrapは現時点で 7つのテーマ が用意されていて、お好みで 簡単に切り替える ことが出来るようになっている。だけど、やっぱりオリジナルテーマを使いたくなるのが人間なんでちょっと試してみました。
RubyとかLiquidの作法はよくわからないんで適当にやった記録ですが、その方法とかを残しておきます。

基本的に触るのは以下のファイルで、今回作ったテーマが「inkfish」。まあ、イカです。

+---assets
|   \---themes
|       +---inkfish
|          +---css
|          |       pygment_trac.css
|          |       styles.css
|          |
|          +---images
|          \---js
|
+---_includes
|   \---themes
|       +---inkfish
|              default.html
|              page.html
|              post.html
|              settings.yml
|
+---_layouts
       default.html
       page.html
       post.html

流れ的には _layouts フォルダにあるファイルに参照するテーマファイルを指定し、_include フォルダにある各テンプレートでHTMLを修正、 assets フォルダにあるスタイルシートを調整って流れのよう。

_layouts フォルダの中にあるファイルは、

---
theme:
  name: inkfish
---

{% include JB/setup %}
{% include themes/inkfish/default.html %}

な感じになってて、テーマの名前と参照するファイルのパスが入ってる(上記はdefault.html)。

_includes フォルダの中は普通のLiquidのテンプレートが入ってるんだけど、 setthing.yml の中にテーマの名前が入っている。

theme:
  name: inkfish

ここらへんは rake コマンドでテーマを切り替えるときに必要になる情報かな?とは思うんだけど、実はよくわかっていない。
まあ、テーマの切り替えとかはやらないと思うんで、全部同じテーマ名を入れておけばいいんじゃないかな?

そして、 assets フォルダには includesフォルダにあるテンプレート等から参照される css, images, js を入れておく。ここに入れておくと、テンプレート内から /assets/themes/inkfish/css/styles.css という感じで呼び出すことが出来る。
ルートディレクトリに適当に保存しても参照は出来るんだけど、assetsに入れておいたほうが分かりやすい。

てな感じで、テーマの自作もホント簡単に出来る。シンプルな分自由度が高くて分かりやすい。

そのシンプルなツールに合わせてデザインもシンプルにしてみた。どうせコメントも入らないだろうからコメントも削除。うーん、すっきり。